Mit der Vollendung des 1. BA's wurde im Jahr 2000 parallel mit der Planung des 2. BA's begonnen.

Nachdem sich die Planungsgruppe des 1. BA's in einem weiteren EU-weiten Vergabeverfahren als kompetentes Planungsteam durchsetzen konnte, wurde die HU-BAU im 4-Jahres-Versatz bis zum 10. April 2000 fertiggestellt.
Ab Spätsommer 2000 begann die AFU-BAU.

Der 2. BA besteht aus 2 Baukörpern, die zeitversetzt realisiert werden.

Im Bau 26 werden die restlichen Flächen für die Institute
- Chemie und
- Biochemie, Biologie
realisiert,

im Bau 27 werden die Institute
- Physik und
- Geowissenschaften
sowie die Hörsäle für
- Chemie und
- Physik
Platz finden.